Genomika: analýza a algoritmy - Cvičení 7

Mapování, samtools

Ze cvičení 6 z minulého týdne použijte data, která jste rozdělili pomocí barcodů a trimovali (zbavili adaptorů a dalších technických sekvencí). Namapujte na genom viru HIV1 sample1 v trimované a netrimované verzi. Použijte dva mapovací programy, bwa a bowtie2)

Porovnejte počet mapovaných sekvencí a zda-li se vám podařilo odstranit kompletně adaptory. Pomocí samtools odstraňte nemapované ready, setřiďte a indexujte výsledný bam file. Zobrazte lokálně pomocí tabletu a/nebo IGV.

pošťouchnutí:

    bwa index -p HIV1 HIV1.fna
    bwa mem -t 2 HIV1.fna ex3_smpl1.fastq >ex3_smpl1-bwa.sam

    bowtie2-build HIV1.fna HIV1
    bowtie2 -p 2 -x HIV1 -U ex3_smpl1.fastq >ex3_smpl1-bowtie2.sam
    
    samtools flagstat
    samtools view -F 4
    samtools sort
    samtools index
      

Data:

• ex3_smpl1_OK.bam (pro kontrolu)
• ex3_smpl1_OK.bam.bai
• HIV1.fna

Time-stamp: <2025-11-12 11:44:52 (hpaces)>