Genomika: analýza a algoritmy - Cvičení 2

• Soubor DNA.gb přeložte do formátu FASTA.
• Sekvence, která nás zajímá, je v regionu 1127608..1129422 na komplementarním vlakně.
• Přeložte sekvenci DNA z regionu do proteinu.
• Spočítejte zakladní statistiku (hlavně délku).
• Najděte v souboru UA159.gb název proteinu a sekvenci odpovídající zadané oblasti.
• Porovnejte, zda statistiky vaší sekvence odpovídají statistikám originálu. Analyzujte své chyby, pokud ne.
• Zjistěte, kterému organizmu patří tato sekvence (UA159) a jakou nemoc způsobuje (pomocí googlu).

Myšlení DNA logikou

Osekvenovali jste cDNA fragment, který byl klonován do EcoRI restrikčního místa (G'AATTC, wiki vektoru pBluescriptII SK-.

Získaná sekvence je zde:

CCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAAT
TCGGTGACCCCGGCAAAGCTTGCTTAATCCGAAGACGTTTCTGTTTCATC
TTCTTAAATCCGGGCCAACNGCGTTTACGAGACTAAACGCGTTTCTCTTT
AGGGCTTAATTATTATCCAGAGATGGCTCATCATAGCAAATGTTTACAAA
CGTTGGATTTAGCTTGTAAAGAGCTGAGATCTCGTGGCTTGTTTGTGAAG
CTTTTGGAGGCAATACTTAAAGCTGGAAACAGAATGAACGCGGGTACCGC
GAGAGGAAACGCTCAAGCGTTTAATCTAACCGCGCTTTTGAAGCTTTCGG
ATGTTAAAAGCGTTGATGGGAAGACTTCTTTGCTTAACTTTGTAGTGGAG
GAAGTTGTTAGATCGGAAGGAAAACGTTGTGTTATGAATAGAAGAAGCCA
TAGCTTAACACGAAGCGGTAGTAGTAACTACAATGGTGGTAATAGTAGTC
TTCAGGTTATGTCGAAAGAAGAGCAAGAGAAAGAGTACTTGAAGCTTGGT
TTACCAGTTGTTGGTGGATTGAGCTCTGAGTTTTCAAACGTGAAGAAAGC
TGCTTGTGTGGACTATGAAACGGTTGTTGCAACTTGTTCTGCTCTTGCGG
TTAGAGCGAAAGATGCGAAAACGGTGATTGGAGAATGTGAAGATGGAGAA
GGAGGGAGGTTTGTGAAAACGATGATGACGTTTCNTGATTCGGTAGAGGA
AGAGGTGAAAATAGCGAAAGGTGAAGAGAGGAAAGTGATCCCTGA
    

• Uložte sekvenci ve FASTA formátu.
• Proveďte restrikční analýzu fragmentu a podle ní odřízněte vektorové sekvence tak, aby vám zůstala pouze čistá cDNA a uložte ji ve FASTA formátu.
• Jaký je první a poslední nukleotid očištěné sekvence?