Ze cvičení 3 použijte data, která jste rozdělili pomocí barcodů a trimovali (zbavili adaptorů). Namapujte na HIV1 sample1 v trimované a netrimované verzi. (Sekvence jsou na VM, programy bwa a bowtie2)
Porovnejte počet mapovaných sekvencí a zda-li se podařilo odstranit kompletně adaptory.
Pomocí samtools odstraňte nemapované ready, setřiďte a indexujte výsledný bam file.
Zobrazte lokálně pomocí tabletu a/nebo
IGV.
hint (to nejsou copy/paste příklady, jenom ukázání cesty):
bwa index -p HIV1 HIV1.fna
bwa mem -t 2 HIV1 ex3_smpl1.fastq >ex3_smpl1-bwa.sam
bowtie2-build HIV1.fna HIV1
bowtie2 -p 2 -x HIV1 -U ex3_smpl1.fastq >ex3_smpl1-bowtie2.sam
samtools flagstat
samtools view -F 4
samtools sort
samtools index
Tady je sekvence a jeden seřazený a indexovaný bamfile pro kontrolu:
Time-stamp: <2023-11-29 11:51:19 (hpaces)>