Genomika: analýza a algoritmy - Cvičení 4

Provětrání programů ze cvičení 1

Uložte (nejlépe ve VM pro GGA do vaší home directory a backup2NFS) fasta soubor sbcD.faa s proteinovou sekvencí genu sbcD. Vstupní soubor je zde: e_coli.gbk.

Myšlení DNA logikou

Osekvenovali jste cDNA fragment, který byl klonován do EcoRI restrikčního místa (G'AATTC, wiki vektoru pBluescriptII SK-.

Získaná sekvence je zde:

CCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAAT
TCGGTGACCCCGGCAAAGCTTGCTTAATCCGAAGACGTTTCTGTTTCATC
TTCTTAAATCCGGGCCAACNGCGTTTACGAGACTAAACGCGTTTCTCTTT
AGGGCTTAATTATTATCCAGAGATGGCTCATCATAGCAAATGTTTACAAA
CGTTGGATTTAGCTTGTAAAGAGCTGAGATCTCGTGGCTTGTTTGTGAAG
CTTTTGGAGGCAATACTTAAAGCTGGAAACAGAATGAACGCGGGTACCGC
GAGAGGAAACGCTCAAGCGTTTAATCTAACCGCGCTTTTGAAGCTTTCGG
ATGTTAAAAGCGTTGATGGGAAGACTTCTTTGCTTAACTTTGTAGTGGAG
GAAGTTGTTAGATCGGAAGGAAAACGTTGTGTTATGAATAGAAGAAGCCA
TAGCTTAACACGAAGCGGTAGTAGTAACTACAATGGTGGTAATAGTAGTC
TTCAGGTTATGTCGAAAGAAGAGCAAGAGAAAGAGTACTTGAAGCTTGGT
TTACCAGTTGTTGGTGGATTGAGCTCTGAGTTTTCAAACGTGAAGAAAGC
TGCTTGTGTGGACTATGAAACGGTTGTTGCAACTTGTTCTGCTCTTGCGG
TTAGAGCGAAAGATGCGAAAACGGTGATTGGAGAATGTGAAGATGGAGAA
GGAGGGAGGTTTGTGAAAACGATGATGACGTTTCNTGATTCGGTAGAGGA
AGAGGTGAAAATAGCGAAAGGTGAAGAGAGGAAAGTGATCCCTGA
    

• Uložte sekvenci ve FASTA formátu.
• Proveďte restrikční analýzu fragmentu a podle ní odřízněte vektorové sekvence tak, aby vám zůstala pouze čistá cDNA a uložte ji ve FASTA formátu.
• Jaký je první a poslední nukleotid očištěné sekvence?

Hledání v databázích

Vytvořte si účet na NCBI, za chvíli začnou úkoly z prezentace

Vyhledejte myb gen v genbank pomocí ENTREZ, zkuste také hledat na genome browseru.

• Kolik záznamů v genbank pro lidský gen myb jste nalezli?
• Kolik paralagů je v lidském genomu? A jaká jsou jejich jména?
• Existuje virový gen myb? Jestliže ano, jak se virus jmenuje a který živočišný druh infikuje?