Genomika: analýza a algoritmy

Jan Pačes

Aktuality a změny.

Kdo, kdy, kde

• Přednášející: Jan Pačes; Email: jan.paces@vscht.cz; Subject: GAA +info
• Asistence a pomoc: Marharyta Klianitskaya klianitskaya@vscht.cz
• Místo: B1322, VSCHT B, vchod ze Zikovy
• Přednášky: středy 13:00
• Cvičení: středa ~15:00. Nutné: VM zprostředkovaný cesnet/metacentrum/elixir, vlastní notebook
• Konzultace: středy dopoledne na VŠCHT, místnost B1314, případně podle domluvy na ÚMG
• http://bio.img.cas.cz/GAA2022

Syllabus (orientační)

• sekvenační experimentální metody
• datové formáty používané v bioinformatice
• bioinformatické databáze a další internetové zdroje
• genomové prohlížeče
• hledání motivů (motif search)
• zarovnání (alignment)
• pokročilé metody zarovnání (PSI-Blast, HMMER, profily)
• vícenásobné zarovnání (multiple alignment)
• sestavení (assembly) genom (de novo, mapování)
• predikce genů
• anotace genomových dat
• metody využívající sekvenování druhé generace (ht-seq assays: RNA-Seq, Chip-Seq, C3-based, Epigenomics)
• sekundární struktura RNA (RNA folding)

Seminární práce

Odkazy

• Přednášky jsou na VM v directory Lectures
• GAA skripta
• Cvičení