Genomika: analýza a algoritmy - Cvičení

Kroky ke spuštění VM

• založit si účet na METACENTRU pro použití cloudu
• vygenerovat si pár ssh klíčů
• přiložit veřejnou část klíče ke svému účtu
• poslat na hpaces@img.cas.cz (Subject: GAA +info) login (email, jméno), pod kterým jste v metacentru
• po přidání do skupiny bioconductor si skupinu bioconductor zkontrolovat nebo nastavit v cloudu jako primární
• spustit VM bioconductor
• připojit se pomocí příkazu:
  • ssh login@x.x.x.x
  • kde x.x.x.x je ip vašeho spuštěného stroje

Medaile

Jozef Fülöp za nejrychlejší zprovoznění VM Jakub Kanka, Fülöp Jozef, Vojtěch Melichar - cvičení 3 a speciálně Martin Zmuda za správnou interpretaci exon-intronové struktury Vojtěch Melichar - za skvělé hledání v databázích Marharyta Klianitskaya - za důkladné vysvětlení, jak opravit chybnou sekvenci

Data k úkolům

Primárně jsou data uložena na virtuálním stroji v /data/shared/GAA.

• Cvičení 1. (21. 9.)
• Cvičení 2. (5. 10.)
• Cvičení 3. (12. 10.)
• Cvičení 4. (19. 10.)
• Cvičení 5. (26. 10.)
• Cvičení 6. (2. 11.)
• Cvičení 7. (9. 11.)
• Cvičení 8. (16. 11.)
• Cvičení 9. (23. 11.)
• Cvičení 10. (30. 11.)
• Seminární práce