Vytvořte správné multiple alignmenty, vyzkoušejte tři různé programy: clustalw, clustalo a muscle. Programy jsou nainstalovány v systému nebo v /data/shared/bin , můžete použít také online verzi třeba na EBI. Pro vizualizaci například clustalx nebo mview (také online na EBI).
Data:
Vytvořte multiple alignent HIV proteinů gp120. Podle informací z databáze ověřte, že se relevantní oblasti zarovnaly správně:
gp120 contains 9 conserved disulfide bridges. Also relevant is the so-called V3-loop. This is a surface-exposed highly immunogenic antibody-binding and hypervariable (immunological escape) region of gp120, which has been extensively sequenced.
