Bioinformatika

Nástroje pro analýzu sekvencí

pro ÚOCHB 23.3.2001

Prezentace | Linky | Alignment | Hlavní strana


Prezentace

index index

Linky


Pairwise alignment

Vezměme dvě sekvence a,b (nukleotidové či aminokyselinové) délky m,n:

Chceme je porovnat mezi sebou a vytvořit alignment A, který sestává z řady párů

Pro výpočet skóre alignmentu A přiřadíme každému páru hodnotu s(ai,bj) (pozitivní nebo negativní) v závislosti na tom, zda se jedná o totožný, příbuzný nebo nepříbuzný pár. Skóre subalignmentu Si,j získáme jako maximální skóre předcházejících subalignmentů plus skóre páru s(ai,bj):

Celkové skóre alignmentu je tak  

Hledání nejlepšího alignmentu je hledáním alignmentu s maximálním skóre ze všech možných alignmentů.

gaps:

Ohodnotíme mezery ("gaps") v alignmentu funkcí

kde x je délka mezery ("gap"). Parametr y bývá nazýván "open gap penalty" nebo "gap existence penalty", parametr z "gap extension penalty" nebo "per residue gap penalty". Skóre subalignmentu Si,j získáme z:


Prezentace | Linky | Alignment | Hlavní strana